內窺鏡中心成立于建院初期，是廣州市最早開展光動力治療早期腫瘤的科室之一。主要負責院內住院和門診患者內鏡診療工作，以及廣州市腫瘤防治中心消化道早癌篩查任務，承擔院內住培醫(yī)師及進修醫(yī)生、護士帶教培訓任務，并與多家醫(yī)院基層醫(yī)院建立了技術合作和幫扶。
內窺鏡中心擁有6個內鏡操作間和1個ERCP室、洗消室和復蘇室，設置獨立的候診室，配備富士內鏡、奧林巴斯內鏡系統(tǒng)等高清電子胃腸鏡、放大內鏡、十二指腸鏡、超聲胃鏡、超聲腸鏡、超聲支氣管鏡以及麻醉機、心電監(jiān)護儀、空氣凈化系統(tǒng)、自動洗消機等設備，為醫(yī)院開展常規(guī)及高級內鏡手術提供條件。
